第二阶段是自20世纪90年代后期至21世纪第二个十年初期,可称作地区大国驱动发展时期。冷战结束特别是1994年新南非成立后,泛非主义理念再度盛行。三个地区大国先后提出宏大的泛非主义制度化计划,也是新一轮非洲一体化设想:利比亚提出激进的“非洲合众国”(United States of Africa)计划;尼日利亚推出非洲安全、稳定和发展合作大会计划;而南非则提出“新非洲倡议”,即后来的“非洲发展新伙伴计划”(NEPAD)。非盟的诞生很大程度上是三个大国相互妥协的产物。2002年7月,非盟正式取代非统。由于为不干 涉成员国内政附加了“不淡漠”条件,非盟实际上对联邦主义的支持度高于非统。2006年前后,非洲内部兴起一波激进的泛非主义讨论,体现在非盟于2006年发布的一项报告中。该报告遵循渐进联邦主义立场,并制定了非洲“联盟政府”的三阶段计划,包括建立阶段(2006~2009年)、启动阶段(2009~2012年)及实现阶段(2012~2015年)。不过,在2009年2月举行的第12届非盟首脑会议上,与会的非洲领导人决定推迟建立非洲联盟政府。他们担心建立非洲联盟政府将损害本国主权,不赞成立即建立这样的政府。